Prabowo Subianto berperan dalam pendirian SMA Taruna Nusantara. Dirgayuza Setiawan, putra dari almarhum Dr. dr. Boyke Setiawan, mengungkap proposal pendirian SMA Taruna Nusantara yang dibuat oleh Prabowo dan Boyke tahun 1988. Proposal itu diajukan oleh Prabowo kepada Menhankam dan presiden kala itu.
Dirgayuza menemukan dokumen tersebut setelah Prabowo memintanya untuk mencarinya di lemari almarhum ayahnya. Dokumen tersebut berisi sketsa awal, daftar isi, kata pengantar, dan timeline pembangunan SMA Taruna Nusantara 1988-1990.
Dalam kata pengantar proposal, Prabowo dan timnya menyatakan alasan pendirian SMA Taruna Nusantara sebagai wujud kesadaran dan panggilan jiwa untuk membangun bangsa dan mengisi kemerdekaan Indonesia. Mereka percaya bahwa pendidikan, terutama dalam bidang sains dan teknologi, adalah langkah penting dalam membangun bangsa.
Pembangunan SMA Taruna Nusantara diharapkan dapat mengoptimalkan potensi unggul yang dimiliki oleh tunas-tunas bangsa untuk kepentingan pembangunan Indonesia di masa depan. Prabowo dan Boyke secara aktif terlibat dalam proposal tersebut, dengan inisial PS (Prabowo Subianto) dan BS (Boyke Setiawan).
Dirgayuza, editor beberapa buku Prabowo, juga mengungkap bahwa sang ayah pernah menjadi orang kepercayaan Prabowo dalam berbagai bidang, termasuk pengelolaan bisnis rekreasi olahraga Polo Club. SMA Taruna Nusantara kini menjadi salah satu SMA unggulan di Indonesia.