Pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) belum memberlakukan kebijakan lebih ketat terkait peningkatan kasus Covid-19 meskipun telah mengeluarkan surat edaran pada 11 Juni 2025. Pembatasan mobilitas dan skrining di titik-titik tertentu belum diberlakukan seperti saat pandemi Covid-19 merebak pada tahun 2020-2021. Kepala Dinas Kesehatan DIY, Pembajun Setyaningastutie, menyatakan bahwa kebijakan lebih ketat belum diperlukan saat ini. Kasus positif Covid-19 yang muncul di Kota Yogyakarta pada Mei 2025 telah selesai dengan pasien melakukan isolasi mandiri dan sembuh tanpa perlu dirawat di rumah sakit.
Pembajun menegaskan perlunya tetap waspada namun tidak perlu panik karena virus Covid-19 masih ada namun kondisinya berbeda dari awal pandemi. Fasilitas layanan kesehatan di Yogyakarta telah siaga dan ketersediaan oksigen juga terjamin. Dinas Kesehatan DIY mengimbau masyarakat untuk menerapkan perilaku hidup bersih dan sehat dalam keseharian mereka untuk mencegah penularan kembali.
Vaksinasi massal di Yogyakarta telah mencapai 99 persen, meningkatkan imunitas masyarakat terhadap Covid-19. Kasus positif yang ditemukan merupakan yang pertama setelah minggu ke-22 tahun 2025. Surat edaran kewaspadaan peningkatan kasus Covid-19 yang dikeluarkan Pemerintah DIY menekankan pentingnya pemantauan tren kasus Covid-19 melalui pelaporan rutin. Meskipun belum memberlakukan pembatasan mobilitas, DIY tetap berupaya untuk menjaga situasi dan kewaspadaan terhadap kasus Covid-19.